金城のパレス

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次のターゲットとなったのは犯罪組織のボスである金城（かねしろ）でした。
この金城は麻薬の運び屋をはじめ、その他多くの悪事を働き金を稼いでいる悪人。そんな金城の部下によって生徒が騙され、麻薬の運び屋にされゆすられるという事件が起きました。

この事件を捜索に乗り出していた怪盗団。このときはまだ黒幕の名前を知りませんでしたが、班目の事件のときに知り合った記者からボスの名前が金城であるという情報を得ます。そして、金城の金のことしか考えていないであろう経歴からキーワードを探りあてます。そして、たどり着いた金城のパレスは渋谷全てが銀行になっている異世界。しかし、怪盗団は銀行を利用できる人物だと認識されておらず、すぐに先に進めなくなってしまいました。
それだけではなく、校長から怪盗団の正体を探れと言われている生徒会長の新島真（にいじま　まこと）にも目をつけられてしまい、さらには主人公たちが怪盗である証拠も新島真に掴まれ、事件を解決しなければ公開すると脅される始末。

徹底的に追い込まれてしまう怪盗団ですが自体は予想外の方向へ。校長の命令や、優秀な姉の存在、他の生徒から生徒会長などをしているのは点数稼ぎなどと言われることで追いこまれていた真は最終的にプレッシャーに押しつぶされ1人で事件を解決しようと動き出してしまいます。
真が金城の部下に接触しているところを発見した怪盗団は、後を追いバーへと向かいます。
しかしこれは金城の罠。真は押さえつけられており、怪盗団も“バー”という未成年が入ってはいけない場所にいる状況を写真を撮られてしまい、脅される結果になってしまいます。
どうにかバーから脱出できた怪盗団と真はスマートフォンを使いすぐさまパレスに入ることで金城たちの追手から逃げることに成功。そして、金城のターゲットになったことで銀行に入る権利を得ることができました。
怪盗団も事件を解決するために動いていることを知った真は、行動を共にしたほうがよいと考え怪盗団に入ることに決め、一緒にパレスを攻略することになります。

真のお陰でパレスの先に進むことができるようになった怪盗団たち。真が金城に対する怒りでペルソナへと目覚め、彼女の力もあり金城のオタカラを盗むことに成功します。

金城は最後に他にもパレスを使って悪事を働いている人物がいるという意味深な言葉を残します。それを聞いた怪盗団は金城の負け惜しみと捉え、この時点ではその言葉を気にもしなかった主人公たちですが、後にその理由に気付くことになりました。

双葉のパレス

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ここまで悪人のパレスへと入り込んで改心させていた主人公たち。
次に入ることになったパレスは後に仲間に加わることになる佐倉双葉（さくら　ふたば）のものでした。

次のターゲットであるハッカー集団の「メジエド」。メジエドが自分たちを捕まえられなければ日本経済に大打撃を与えるという声明を出したため、改心させようと考えていた怪盗団。しかし、相手はハッカー集団ということでパレスに入るための本名もキーワードも分かりません。そんなとき「アリババ」と名乗る人物が現れます。
実はアリババの正体は佐倉双葉。双葉は人間離れした技術を持つハッカーであり、連絡アプリをハッキングして怪盗団に近づいてきました。
そして、メジエドの調査に協力する条件として「佐倉双葉」を改心させて欲しいと告げました。

双葉のパレスはエジプトにあるピラミッドのような形をしたもの。天才的なプログラミングスキルも持っているからか、謎解きも多く主人公たちは苦戦させられてしまいます。
謎解きをしながら進んだ先にいたのは佐倉双葉が作りだした母親でした。

双葉はある事件で母親の死を目の当たりにし、さらに、母親の死の原因が双葉にあると親戚に責められたという過去を持っていました。
母親はきっと自分を恨んでいるだろう、という彼女の考えが凶悪な母親を作り出してしまっていたのでした。

双葉が作りだした母親と対峙することになった怪盗団は、なかなか手を出せずに苦戦。しかし、過去と向き合うことが出来た双葉がここでペルソナに覚醒。彼女の力を使って撃退することに成功します。

こうして双葉のパレスを攻略した怪盗団たちは双葉のハッカ―としての力を借りてメジエドの事件も解決し、双葉という心強い仲間を加えることになりました。

奥村のパレス

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怪盗団の次のターゲットになったのはフードオクムラの社長である奥村社長でした。
ネットを調べてみると会社では社員の扱いや、バイトの待遇が悪いといういわゆるブラック企業であるという噂が流れていました。
ただ、これだけでは悪人だと判断できなかった主人公たち。しかし、ネットでは怪盗団の存在が大きくなっており、奥村社長を改心させることでブラック企業としての体質を解決しろという書き込みもされてしまいます。

それでも戸惑っていた主人公たち。そんな中モルガナと竜司が喧嘩をしてしまい、モルガナが出て行ってしまうという事件が起きます。
主人公たちはモルガナが向かったと思われる奥村のパレスへと侵入。そこで知らない怪盗少女とモルガナの姿を発見します。

怪盗少女の正体は奥村社長の娘である奥村春（おくむら　はる）でした。
彼女は落ち込んでいるモルガナを見つけて、モルガナの悪人を改心させるという目的を聞きます。元々父親が社員を道具としてしか思っていないのではないかと薄々気付いていたこともあり、モルガナの話を聞いた春は、ブラック企業の社長である父親を改心させたいという想いを持つようになります。そして春はモルガナに協力をすることでそれを実現しようとしていたのでした。。

またモルガナは自分自身を認めてもらいたいという想いを持っていることに気付き、竜司とも仲直り。怪盗団は本格的に奥村のパレスへと侵入していきます。

ここに至っても奥村が悪人か分からないと感じていた怪盗団たち。しかし、奥村のシャドウは「社員は乗り上がるための道具」「怪盗団を捕まえるのも注目を集めるため」と本性を現します。
娘である奥村春もその言葉に怒りを覚えるとペルソナを完全に覚醒し参戦、戦いに勝利します。

オタカラを盗めば悪人も改心する、と思っていた怪盗団たち。
しかし、奥村社長が死んでしまうという予想外の事件が発生。それによって怪盗団が殺人を行ったのではないかと世間に疑われることになります。
そんな中、双葉は調査を行い、誰かがネット操作をしていたのではないかという情報を掴むのでした。