Fate/stay night（2006冬）

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原作はPCゲームですが、今や誰もが知る人気作品となったFateシリーズのアニメ化第1弾。
この時はスタジオディーンが制作を行っていました。
まだFGOもなく大きな広がりを見せていない時期ですが、それでも2万6000枚の高セールスを記録し、覇権アニメとなりました。

涼宮ハルヒの憂鬱（2006春）

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大ヒットラノベを原作としたアニメであり、京アニを業界トップクラスの地位に押し上げたメガヒット作。
本作の登場以降、深夜アニメおよびラノベ原作アニメの数が激増したとも言われています。

そのセールスは放送当時で4万3000枚。
2009年放送の2期も含めた「涼宮ハルヒの憂鬱 ブルーレイ コンプリート BOX」も3万4000セット売れており、今尚語り継がれるアニメとなりました。

ゼロの使い魔（2006夏）

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ハルヒに続き、ラノベ原作アニメが覇権を奪取。
こちらはヒロイン・ルイズのツンデレが話題になり、ツンデレブームを牽引する人気作となりました。

発売当時のセールスでは『ハチミツとクローバーⅡ』が勝っていますが、BOXの売上を加えると僅差でこちらが上回っています。

コードギアス 反逆のルルーシュ（2006秋）

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谷口悟朗監督、サンライズ制作のオリジナルアニメ。
大河内一楼さんが脚本を務めた重厚なストーリーが人気を集め、発売当時で4万5000枚、BOXで2万7000セットを売り上げるメガヒットとなりました。
2期も同規模のヒットとなり、そこで一旦完結を迎えましたが、長い年月を経て続編の制作も行われています。

ひだまりスケッチ（2007冬）

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4コマ漫画雑誌「まんがタイムきらら」からアニメ化された、きららアニメ第1弾。
美術科に通う女子高生たちのゆるふわな日常が描かれています。

発売当時の売上はそれほど高くなく、『のだめカンタービレ』や『一騎当千』2期の方が上でしたが、2～3期のヒットを経て発売されたBlu-ray Boxの売上を加算すると、本作がクールNo.1ヒットとなりました。

らき☆すた（2007春）

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ハルヒの大ブレイクで一躍アニメ界の注目株となった京アニがその次に制作した、漫画原作アニメ。
メインとなる4人の少女のフワッとした日常を賑やかに描いた作品で、カオスなOPが話題になりました。

このクールは他にも『天元突破グレンラガン』『魔法少女リリカルなのはStrikerS』といった3万超えのメガヒット作が複数ありましたが、放送当時も、BOXも含めたトータルセールスでも本作が覇権を握っています。

モノノ怪（2007夏）

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2006年放送『怪 ～ayakashi～』の1エピソード「化猫」の主人公、薬売りをフィーチャーしたホラーアニメです。
和紙を取り入れた独特のグラフィックも話題になりました。
放送当時から1万枚を超える人気作でしたが、「化猫」とセットで販売したBOXも人気を博し、最終的なセールスは2万枚を超えています。

機動戦士ガンダム00（2007秋）

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『SEED』で新たなガンダムブームが生まれた後、初めてテレビで新作として放送されたガンダム作品。
高河ゆん先生をキャラクター原案に迎えた本作は、女性ファンから絶大な支持を集め、BOXも含めると4万枚を超えるセールスを記録しました。
NHKが行った「全ガンダム大投票 40th」でも堂々4位にランクインするなど、長く愛されている作品です。

ARIA The ORIGINATION（2008冬）

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水の惑星となった未来の火星を舞台に、水先案内人（ウンディーネ）を目指す女の子たちの日常を優しく描いた人気シリーズの3期。
3期が一番売れ、1万3000枚を記録しました。
原作漫画はこの3期放送と同時期に完結を迎えましたが、その後もファンの熱は収まらず、2021年春には新作となる劇場アニメ『ARIA The CREPUSCOLO』が公開される予定です。

マクロスF（2008春）

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ガンダムシリーズ以上に停滞感が強かったマクロスシリーズを蘇生させた、起死回生の大ヒット作。
『超時空要塞マクロス』から50年後の世界を舞台に、バルキリーのパイロット、宇宙の歌姫、新進気鋭のアイドル歌手の三角関係を描いた物語で、BOXも含めると6万枚を超えるビッグセールスとなりました。
主題歌・挿入歌も軒並みヒットし、大きなブームを巻き起こした作品です。

ストライクウィッチーズ（2008夏）

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「パンツじゃないから恥ずかしくないもん！」と謳いつつ、少女たちが空を飛び交い世界を守るため戦う姿を描いたアクションアニメです。
内容自体は決してお色気ではなく、シリアスにコメディを織り交ぜたエンタメ要素の濃い戦記もので、放送当時の時点で1万4000枚を売り上げ、Blu-ray BOXを含めると2万枚を突破しました。
本作では第501統合戦闘航空団の活躍が描かれていますが、他にも様々な統合戦闘航空団が存在していて、それらを総括して「ワールドウィッチーズ」というプロジェクトで展開しています。

とらドラ！（2008秋）

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ラノベ原作アニメ。
のちに数々の大ヒット作を生み出すことになる長井龍雪監督、脚本家の岡田麿里さん、キャラクターデザイナーの田中将賀さんが一堂に会し作りあげた、2000年代最高峰のラブコメアニメです。
放送当時の売上だけなら『CLANNAD AFTER STORY』『黒執事』『とある魔術の禁書目録』などが上回っていてTOP3にも入っていませんが、BOXが放送当時の倍にも及ぶ2万セット以上を売り上げ、最終的に覇権アニメとなりました。

なお、数字上は機動戦士ガンダム00の第2シーズンの売上がNo.1ですが、この作品は分割4クールということで対象外としました。

続 夏目友人帳（2009冬）

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少女漫画原作の伝奇日常アニメの第2期。
非常に根強い人気の作品で、2009～2017年の期間に第6期まで作られています。
この2期だけが突出している訳ではなく、常に高セールスを記録していますが、このクールは強力なライバルが少なかったためNo.1セールスとなりました。

けいおん！（2009春）

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京アニを代表する人気作であり、音楽アニメ及びきららアニメの牽引役も担った大ヒット作品。
原作の4コマ漫画は放送前には決して有名ではありませんでしたが、アニメ化によって爆発的な人気を獲得しました。

セールスは放送当時だけで4万4000枚、BOXも加えると5万7000枚を記録。
楽曲も軒並みヒットし、放送から長年経過した後も配信やカラオケで人気を博しています。

化物語（2009夏）

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シャフト＆新房昭之監督の集大成で、その後10年以上続くことになる物語シリーズの記念すべき1作目。
「怪異」と関わってしまった可憐な少女たちと、主人公・阿良々木暦（あららぎ こよみ）の会話劇をメインとした物語です。
深夜アニメの円盤平均売上歴代1位を未だに守っている怪物的ヒット作で、放送当時だけで7万9000枚、BOXも加えると11万枚にも及びます。

とある科学の超電磁砲（2009秋）

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『とある魔術の禁書目録』のスピンオフ漫画を原作としたアニメ。
科学サイドをメインに、本編でも人気を博している御坂美琴（みさか みこと）を主人公としたストーリーが展開されます。

BOXを含めると3万枚以上を売り上げ、とあるシリーズ最大のヒット作となっています。
2020年には3期の放送も行われ、見事ヒットを記録しました。

デュラララ!!（2010冬）

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人気ラノベを原作としたアニメ作品。
東京・池袋を舞台に、ワケありの男女が様々な事件に関わっていく群像劇です。
女性からの支持を集め、BOXを含めると2万枚を超えるヒット作となりました。

けいおん!!（2010春）

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『けいおん！』の2期。
1期とは違いオリジナルエピソードが大半で、2クールにわたって放送され、1期と同等のセールスを記録しました。
特別編の放送後、劇場版の公開が発表された時には感涙するファンが続出していました。

ストライクウィッチーズ2（2010夏）

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『ストライクウィッチーズ』の第2期。
僅かながら1期を上回る売上を記録し、のちの劇場版、そして3期放送へと繋がりました。

俺の妹がこんなに可愛いわけがない（2010秋）

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ラノベ原作アニメ。
隠れオタクの妹と、シスコンの兄の禁断の恋愛を描いた意欲作で、文章系タイトルが定着するきっかけにもなりました。
BOXも含めると3万枚に迫るセールスを記録しており、ラノベアニメ全盛を象徴する作品と言えます。