35位【1.23万枚】藍より青し

出典 : Amazon.co.jp

ヤングアニマル連載の人気恋愛漫画を2002年にアニメ化。
呉服店の娘で普段から着物を着ているヒロイン・桜庭葵（さくらば あおい）がアニメファンの間でも人気を博し、大ヒットを記録しました。
翌2003年には2期が放送され、こちらもヒットしています。

34位【1.26万枚】BLEACH

出典 : Amazon.co.jp

原作は全世界シリーズ累計発行部数1億2000万部のジャンプ漫画で、アニメ版は2004～2012年に放送。
最も売れたのは最初の死神代行篇ですが、その後の尸魂界 潜入篇と救出篇も平均1万枚を超え、以降も安定した売上を記録しました。
連載開始から20年になる2021年には、20周年プロジェクトとして最終章「千年血戦篇」のアニメ化が予定されています。

33位【1.29万枚】モノノ怪

出典 : Amazon.co.jp

2007年夏にノイタミナ枠で放送されたオリジナルアニメです。
ジャンルはホラーで、「座敷童子」「海坊主」「のっぺらぼう」「鵺」「化猫」の5つのエピソードを全12話で放送しました。
ストーリーメインの短編集アニメで1万枚突破は見事の一言で、それだけ内容が充実していた証です。

32位【1.32万枚】HAND MAID メイ

出典 : Amazon.co.jp

2000年夏にWOWOWで放送されたオリジナルアニメです。
当時設立間もないTNKが制作、放送局も限定的でありながら、お色気シーンを多数含むギャルゲー的ハーレムラブコメの内容が受け、高セールスを記録。
のちに『ハイスクールD×D』『健全ロボ ダイミダラー』などを手がけ、お色気アニメの第一人者となった柳沢テツヤ監督がアニメーションディレクターを担当しています。

31位【1.32万枚】ARIAシリーズ

出典 : Amazon.co.jp

水の惑星に生まれ変わったかつての火星「アクア」を舞台にした天野こずえ先生の日常ファンタジー漫画を映像化したシリーズです。
2005年よりアニメ化がスタートしましたが、最も売れたのは2008年放送の3期『ARIA The ORIGINATION』。
その後、原作の連載が終わった2010年代も人気を維持しており、2020年には完全新作のアニメが制作される予定です。

30位【1.34万枚】D.C.～ダ・カーポ～

出典 : Amazon.co.jp

2003年より映像化展開が始まった、エロゲー原作のアニメ。
1話完結形式のラブコメディで、キャラ萌えをメインとしたアニメが大ヒットすることを知らしめた歴史的な作品です。

29位【1.38万枚】真月譚 月姫

出典 : Amazon.co.jp

今や『FGO』で日本を代表するゲームメーカーとなったTYPE-MOONが同人時代に製作した処女作のアニメ化作品です。
同人ゲームでありながら大ヒットを記録した名作で、アニメ版はやや評価が分かれる内容でしたが、それでも大ヒット。
原作ゲームのリメイク版が開発中というアナウンスをされていますが、リリースの目処はまだ立っていないようです。

28位【1.38万枚】ストライクウィッチーズ

出典 : Amazon.co.jp

「パンツじゃないから恥ずかしくないもん！」のキャッチコピーでおなじみ、空駆ける少女たちの活躍を描いたメディアミックス作品。
2008年放送の第1期は好評を博し、Blu-ray BOXの売上を加えると3万枚近いセールスになります。
新作『第501統合戦闘航空団ストライクウィッチーズ ROAD to BERLIN』は2020年10月より放送予定です。

27位【1.39万枚】おねがい☆ティーチャー

出典 : Amazon.co.jp

2002年冬に放送されたオリジナルアニメです。
宇宙人の血を引く年上ヒロインと、地球人の高校生の恋愛を描いた2000年代を代表するラブコメディで、おねショタの金字塔でもあります。
新シリーズとして翌年に放送された『おねがい☆ツインズ』もほぼ同等のセールスを記録しました。

26位【1.40万枚】黒執事

出典 : Amazon.co.jp

2008年よりアニメ化展開がスタートした、漫画原作のダークファンタジーです。
残酷描写ありのダークファンタジーと言ってもグロい描写が特別目立つことはなく、イケメンたちのスタイリッシュで危険な香りを楽しむアニメ。
女性向けダークファンタジーのパイオニアと言える作品です。

25位【1.41万枚】まほろまてぃっく

出典 : Amazon.co.jp

2001年秋に1期、2002年秋に2期が放送された漫画原作アニメ。
かつて史上最強の戦闘用アンドロイドだった安藤まほろ（あんどう まほろ）が、ハウスメイドとして少年の世話をする……というお話。
キャラ萌えだけでなく感動的なストーリーが人気を博し、1期だけでなく2期も1万枚を超えるヒットを記録しました。

24位【1.50万枚】DEATH NOTE デスノート

出典 : Amazon.co.jp

あまりに有名なジャンプ連載のサスペンス作品ですが、アニメ版は実写映画公開の後に放送されたため、立ち位置的に若干影が薄いかもしれません。
しかしアニメ版もしっかり大ヒットしており、この作品の求心力を見事示しました。
結末を変えた実写映画版とは違い、基本的なストーリーは原作に忠実な内容です。

23位【1.54万枚】銀魂

出典 : Amazon.co.jp

累計発行部数5500万部以上を記録したジャンプの大ヒット漫画を、2006年よりアニメ化。
最も売れたのは第1期シーズン其ノ壱ですが、以降も1万枚を超えるセールスを長らく持続しました。
テレビシリーズは全367話が放送され、2021年には（2013年に完結篇を公開したのに）新作の劇場版が公開予定です。

22位【1.66万枚】魔法先生ネギま！

出典 : Amazon.co.jp

マガジン連載の人気漫画を2005年よりアニメ化。
作画の質が問題視されるなど、1期は決して順風満帆な映像化とはいきませんでしたが、アニメ円盤、主題歌「ハッピー☆マテリアル」やキャラソンなどのCD、グッズ売上は絶好調で、2006～2007年には2期『ネギま!?』が放送されました。

21位【1.82万枚】Kanon（京アニ版）

出典 : Amazon.co.jp

原作はkeyの処女作となった恋愛ADVゲームで、2002年に東映アニメーションがテレビアニメ化し、その後2006～2007年に京都アニメーションによって再アニメ化。
東映版も約9000枚とヒットしましたが、AIRのアニメ化に成功しファンから信頼を得ていた京アニ版は更なるヒットを記録しました。