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今も語り継がれるヒット作をたくさん輩出した2000年代の深夜アニメ売上TOP50をまとめました！
「売上枚数はクール平均」「00年代に1番売れたクールを採用」「BOXはカウント外」のルールでランキングを作成、カウントダウン方式で発表します！

50位【0.96万枚】星界の戦旗

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ライトノベル『星界の紋章』の3年後を描いた続編シリーズを原作としたスペースオペラで、1期は2000年春、2期は2001年夏に放送されました。
最初にアニメ化された『星界の紋章』は3000～4000枚の売上でしたが、スケールが壮大になったこちらはよりアニメファンの琴線に触れ、倍以上売上を伸ばしています。

49位【1.00万枚】図書館戦争

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創作物への厳しい弾圧が行われるようになった世界を舞台に、図書館の抵抗を描いたSFアクション。
2008年春に放送されたテレビアニメ版は好評を博し、2012年には劇場アニメ、2013年からは実写展開も行われ、いずれも好成績を残しています。

48位【1.00万枚】舞-HiME

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2004年より展開されたメディアミックス作品で、サンライズ制作のアニメ版は2004～2005年に放送されました。
「サンライズ初の萌えアニメ」というキャッチフレーズの通り、ロボットアニメの印象が強かったサンライズのイメージを変えた作品で、サービスシーンも多数あります。

47位【1.01万枚】蟲師

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アフタヌーンで長らく連載されていた伝奇ファンタジーのアニメ化作品です。
2005～2006年に放送され、その独特の空気感に多くのアニメファンが痺れ、硬派なアニメとしては珍しく大ヒットを記録しました。

46位【1.03万枚】クイーンズブレイド 流浪の戦士

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ホビージャパンの対戦型ゲームブックをアニメ化し、2009年に分割2クールで放送。
女闘士が4年に1度開催の闘技会「クイーンズブレイド」で戦う姿を美しくエロティックに描いた作品で、男性アニメファンから絶大な支持を得ました。

45位【1.03万枚】夏目友人帳

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人気少女漫画のアニメ化作品で、合計6回のテレビアニメ化を果たしているロングセラータイトルです。
1期が1.02万枚、2期が1.03万枚という凄まじい安定力で、2010年代に放送された3期、4期も1万枚前後を売り上げています。

44位【1.06万枚】灼眼のシャナ

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2005年よりアニメ化展開がスタートした、ラノベ原作のファンタジーアニメです。
本作のヒットによって、ラノベアニメの快進撃がスタートしたと言っても過言ではありません。
2000年代を代表するバトルヒロインものでもあります。

43位【1.07万枚】とらドラ！

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2008～2009年に放送された、ラノベ原作の青春ラブコメディ。
コメディチックでライトな作風ながら、後半は主人公やヒロインの葛藤・苦悩をエモーショナルに描き、多くのアニメファンを夢中にさせました。
2011年に発売されたBlu-ray BOXは、放送時の倍となる2万セットを売り上げており、実質的には3万枚セールスの大ヒット作です。

42位【1.09万枚】かんなぎ

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2008年秋に放送された漫画原作のアニメです。
神様に恋する主人公と、その周囲の人々の日常を描いたラブコメディ。
OPではヒロインのナギ様がアイドルになり歌って踊る姿が描かれ、好評を博しました。

41位【1.10万枚】ハチミツとクローバー

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ノイタミナ枠第1弾として2005年春～夏に放送された、羽海野チカ先生の出世作。
美大を舞台に、片想いで形成された男女の甘酸っぱい恋愛模様を描いた青春群像劇です。
新たなアニメ枠ということもあり注目を集めた結果、1万枚を超える大ヒット作となり、2006年には第2期も放送されました。

40位【1.10万枚】ちょびっツ

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『魔法騎士レイアース』『カードキャプターさくら』と大ヒット作を輩出していたCLAMPのSFラブコメ漫画を2002年にアニメ化。
人間と機械（人型パソコン）の恋愛を描いた作品で、『To Heart』のマルチや『まほろまてぃっく』のまほろなど、ロボ娘ヒロインが人気を博していた時代の流れもあり、ヒットを記録しました。

39位【1.12万枚】みなみけ

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現在もヤングマガジンで連載中の日常漫画が原作。
最初のアニメ化は2007年で、その後4期まで制作されました。
1期のセールスは1万枚を超え非常に好調でしたが、2期はオリジナルキャラを投入し作風をガラリと変えたことで賛否両論となり、セールスも半分以下に落ちてしまいました。

38位【1.19万枚】フルーツバスケット（2001）

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2019～2020年にリメイク版が放送されたことでも知られる、大ヒット少女漫画原作のアニメ。
最初のアニメ化は2001年で、2クールにわたって放送され好評を博しました。
少女漫画としては珍しい、恋愛よりも家族に重きを置いた作品で、男性にも人気があります。

37位【1.21万枚】とある魔術の禁書目録

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現在も続く長寿ラノベを原作としたアニメで、第1期は2008～2009年に放送されました。
とあるシリーズ最初のアニメ化となった1期は「禁書目録編」「吸血殺し編」「絶対能力進化実験編」「御使堕し編」「打ち止め編」「アステカの魔術師編」が映像化されています。
放送直後の円盤セールスは2010年代放映の2期より低いですが、のちにリリースされたDVD-SET、DVD-BOXが各5000セット売れており、実質的には2万枚を超えています。

36位【1.22万枚】DARKER THAN BLACK 流星の双子

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2007年放送のボンズ制作によるオリジナルアニメ『DARKER THAN BLACK -黒の契約者-』の続編として、2000年代最後のクールとなる2009年秋に放送されたSFアクションです。
1期の正統続編でありながら、1期を大きく上回るセールスを記録しました。