20位【1.93万枚】おおきく振りかぶって

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アフタヌーンで現在も連載している野球漫画を2007年、2010年にアニメ化。
1期は凄まじい女性人気もあって、ビッグセールスを記録しました。
A-1 Pictures最初の大ヒット作でもあり、本作からその後の快進撃がスタートしました。

19位【1.96万枚】攻殻機動隊シリーズ

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士郎正宗先生が1989年にスタートさせたSF漫画で、サイバーパンクの金字塔です。
最初のアニメ化は押井守監督が手がけ1995年に公開された映画『GHOST IN THE SHELL / 攻殻機動隊』で、テレビアニメ化は2002～2003年に放送された『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX』が最初。
その第1シーズンより2004～2005年放送の第2シーズン『攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG』の方がセールスが高く、2万枚近く売れました。

18位【2.01万枚】天元突破グレンラガン

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今石洋之監督の名前をアニメ界に知らしめた2007年放送のロボットアニメです。
「熱血」という言葉が死語になりつつあった2000年代後半において、かつてアニメの王道だった熱いストーリーで大ヒットを記録したのは痛快でした。
10周年記念で再放送された際にも話題になりましたね。

17位【2.26万枚】魔法少女リリカルなのはシリーズ

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2000年代を代表する魔法少女アニメ。
元々はエロゲーのファンディスクという、かなりニッチなところから膨らませた作品ですが、2020年代に突入しても現役のコンテンツとして人気を持続しています。
テレビアニメシリーズで最も売れたのは2007年放送の3期『魔法少女リリカルなのはStrikerS』で、Blu-ray BOXも合わせると3万枚以上を記録しました。

16位【2.44万枚】AIR

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Key原作の人気ADVゲームを京アニがアニメ化。
劇場版として制作された東映版の公開と同時期の2005年冬に放送されました。
京アニがKey作品を映像化したのは本作が初で、泣きゲーの金字塔と言われたこの作品を美しい映像に仕上げ大ヒットしたことで、京アニの名前がアニメファンの間で一気に知れ渡りました。

15位【2.44万枚】ラブひな

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赤松健先生が『ネギま』の前に連載していたラブコメ漫画をアニメ化した作品です。
2000年に放送された本作の成功があったからこそ、その後エロゲーやラノベがアニメ化しやすくなったのかもしれません。

14位【2.45万枚】とある科学の超電磁砲

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『とある魔術の禁書目録』のスピンオフで、こちらは漫画原作。
スピンオフでありながら、作中No.1の人気キャラである御坂美琴（みさか みこと）を中心とした女性陣による華やかな物語ということもあって、本編を上回るビッグセールスを記録しました。
2009年秋より放送を開始した1期は、BOXの売上を含めると3万枚を超えており、とあるシリーズのテレビアニメでは最も売れています。

13位【2.48万枚】CLANNAD

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『AIR』『Kanon』に続いて、Key原作アニメ3作品目のアニメ化にして、最高セールスを記録した大ヒットアニメ。
ハーレム系の要素がありつつも、主人公とヒロインの恋愛から結婚、出産、親子の絆まで描ききった本作は多くのアニメファンの心に突き刺さり、「CLANNADは人生」の名文句を残しました。
ちなみにこちらも東映版が制作されていて、2007年10月に放送開始した京アニ版より一足早い同年9月に劇場公開されました。

12位【2.56万枚】あずまんが大王

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その後の4コマ漫画市場に絶大な影響を与えた、萌え4コマの原点にして金字塔を2002年にアニメ化。
アニメ自体は評価が分かれていて、原作ファン受けは今一つでしたが、原作を知らないアニメファンからは好評で、セールス面では大成功を収めました。
テレビアニメ版および短編映画を制作したのはJ.C.STAFFですが、その前に亜細亜堂が制作したWebアニメ（OVA）も公開されています。

11位【2.60万枚】Fate/stay night

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今やufotableのイメージが圧倒的に強いFateシリーズですが、記念すべき初アニメ化は2006年にスタジオディーンが行っています。
セイバーをヒロインとした「Fate」ルートを映像化したこのスタジオディーン版はFateファンからも好評で、高セールスも納得の出来栄えです。

10位【2.85万枚】頭文字D Fourth Stage

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累計発行部数4800万部を誇る、走り屋たちの狂想曲を描いた大ヒット漫画の映像化作品です。
車に対するこだわりが尋常ではなく、3DCGで描いた車両は形状だけでなく挙動や音まで本物を完全再現しており、このアニメを観ながらCGの技術やアニメ内での見せ方がどんどん向上していくのを実感した人は多いでしょう。

9位【2.91万枚】らき☆すた

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2007年に放送された京アニ制作の漫画原作アニメで、当時まだマイナーだった「聖地巡礼」を一気に広めた作品。
そして、その後の日常アニメブームの火付け役でもあります。
OP曲「もってけ！セーラーふく」のカオスな歌詞、そして大ヒットも鮮烈でした。

8位【3.46万枚】機動戦士ガンダム00シリーズ

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元々ガンダムシリーズはガンプラ人気もあって男子に圧倒的な人気を誇るコンテンツでしたが、メインキャラの多くをイケメンで固めた『新機動戦記ガンダムW』以降は女性人気も獲得しています。
その最たるシリーズが2007～2009年放送のこの作品で、シリーズ史上最も女性人気が高いガンダムとして知られています。
1期、2期とも3万枚を超える高セールスを記録しました。

7位【3.65万枚】鋼の錬金術師

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ハガレンは原作がまだ完結する前に制作され、後半にオリジナルストーリーを展開した2003～2004年放送の無印版と、原作準拠で2009～2010年に放送されたFULLMETAL ALCHEMIST版がありますが、より大ヒットを記録したのは前者です。
原作人気が凄まじい時期で、後半のアニオリも高く評価されたことから、多くのファンに支持されました。
主題歌として起用された「メリッサ」「READY STEADY GO」「リライト」も大ヒットしています。

6位【4.25万枚】涼宮ハルヒの憂鬱

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2006年に放送され「深夜アニメの歴史を変えた」とも言われた、京アニ制作のラノベ原作アニメです。
時系列をシャッフルし、EDでメインキャラを踊らせるなど遊び心満載で制作された本作は、大多数のディープなファンを生み出し、のちの深夜アニメおよびラノベ原作アニメの本数を増加させるきっかけとなりました。
1期は放送直後の円盤セールスだけでも驚異的ですが、2期までの本編全28話を時系列順に収録したBlu-rayコンプリートBOXが3万セット以上売れており、合計すると7.5万枚以上を記録。
劇場版「涼宮ハルヒの消失」も異例の大ヒットとなりました。

5位【4.39万枚】けいおん！

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こちらも京アニ制作の大ヒット音楽アニメ。
当時は決して有名ではなかった、まんがタイムきらら掲載の4コマ漫画を京アニがアニメ化した結果、アニメ界の歴史に残るメガヒット作になりました。
2009年放送の1期はBOXも含めると6万枚に迫る円盤セールスを記録。
音楽面の盛況も凄まじく、OPおよびED曲はいずれも大ヒットし、特に1期ED「Don’t say “lazy”」は歴史に残るアニソンとなっています。

4位【4.54万枚】コードギアス 反逆のルルーシュ

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「ストーリーの良いアニメ」という話題で必ず名前が挙がる、00年代屈指の人気オリジナルアニメです。
アンチヒーローの代名詞とも言えるルルーシュの活躍と悲壮な結末に、男女問わず多くの視聴者が夢中になりました。
セールスは1期・2期ともに4万枚を突破しており、BOXを含めると両方とも6万枚以上。
その人気は2006～2007年の放送から10年以上経っても衰えず、2019年には続編となる劇場版『コードギアス 復活のルルーシュ』が公開されました。

3位【4.61万枚】マクロスF

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マクロスシリーズ25周年記念作品であり、2000年代唯一のテレビシリーズです。
マクロスの原点である三角関係を壮大なスケールでエモーショナルに描いた2008年放送の本作は、若い世代にマクロスの名前を知らしめるビッグヒットを記録。
菅野よう子さんが作曲を務めた「トライアングラー」「ライオン」「ダイアモンド クレバス」などの楽曲も大いに受け、NHKが2019年に実施した全マクロス大投票で堂々の1位に輝くなど、シリーズを代表する作品になりました。

2位【6.87万枚】機動戦士ガンダムSEEDシリーズ

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90年代のガンダムシリーズは決して人気がなかった訳ではありませんが、社会現象となった初代ガンダム～逆襲のシャアまでと比べると明らかに勢いは落ちていて、限られたファン層の中での盛り上がりに留まっていました。
その流れを断ち切り、無数の新規ファンを獲得したのが2002～2003年に放送されたSEEDです。
1期は約6万枚の円盤セールスを記録し、視聴率も平均6.2％をマークして土6をアニメ枠に固定する立役者となりました。
続編『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』は更に勢いを伸ばし、7万近い売上を記録しています。

1位【7.87万枚】化物語

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2000年代最高の円盤セールスを記録したのは、物語シリーズの第1作目『化物語』。
原作は西尾維新先生の人気小説で、当時は「映像化不可能の作品」と言われていましたが、シャフトによって制作されたアニメは多数の奇抜な演出によって怪異ファンタジーらしい混沌を表現し、声優陣の奮闘もあって主人公の阿良々木暦（あららぎ こよみ）と各ヒロインが活き活きと描かれ、深夜アニメ史上最高のヒットとなりました。
Blu-ray Disc Boxも3万セット以上売れており、合計すると11万枚以上のセールス。
これから10年以上、物語シリーズはシャフトの屋台骨を支える作品となりました。

順位まとめ

*1位　7.87万枚　化物語
*2位　6.87万枚　機動戦士ガンダムSEEDシリーズ
*3位　4.61万枚　マクロスF
*4位　4.54万枚　コードギアス 反逆のルルーシュ
*5位　4.39万枚　けいおん！
*6位　4.25万枚　涼宮ハルヒの憂鬱
*7位　3.65万枚　鋼の錬金術師
*8位　3.46万枚　機動戦士ガンダム00
*9位　2.91万枚　らき☆すた
10位　2.85万枚　頭文字D Fourth Stage
11位　2.60万枚　Fate/stay night
12位　2.56万枚　あずまんが大王
13位　2.48万枚　CLANNAD
14位　2.45万枚　とある科学の超電磁砲
15位　2.44万枚　ラブひな
16位　2.44万枚　AIR
17位　2.26万枚　魔法少女リリカルなのはシリーズ
18位　2.01万枚　天元突破グレンラガン
19位　1.96万枚　攻殻機動隊シリーズ
20位　1.93万枚　おおきく振りかぶって
21位　1.82万枚　Kanon（京アニ版）
22位　1.66万枚　魔法先生ネギま！
23位　1.54万枚　銀魂
24位　1.50万枚　DEATH NOTE デスノート
25位　1.41万枚　まほろまてぃっく
26位　1.40万枚　黒執事
27位　1.39万枚　おねがい☆ティーチャー
28位　1.38万枚　ストライクウィッチーズ
29位　1.38万枚　真月譚 月姫
30位　1.34万枚　D.C.～ダ・カーポ～
31位　1.32万枚　ARIAシリーズ
32位　1.32万枚　HAND MAID メイ
33位　1.29万枚　モノノ怪
34位　1.26万枚　BLEACH
35位　1.23万枚　藍より青し
36位　1.22万枚　DARKER THAN BLACK 流星の双子
37位　1.21万枚　とある魔術の禁書目録
38位　1.19万枚　フルーツバスケット（2001）
39位　1.12万枚　みなみけ
40位　1.10万枚　ちょびっツ
41位　1.10万枚　ハチミツとクローバー
42位　1.09万枚　かんなぎ
43位　1.07万枚　とらドラ！
44位　1.06万枚　灼眼のシャナ
45位　1.03万枚　夏目友人帳
46位　1.03万枚　クイーンズブレイド 流浪の戦士
47位　1.01万枚　蟲師
48位　1.00万枚　舞-HiME
49位　1.00万枚　図書館戦争
50位　0.96万枚　星界の戦旗

まとめ

上位の作品はどれもアニメ界の歴史を揺るがした名作ばかりです！
何年経っても色あせない、凄いアニメばかりなので、再放送やBOXなどでぜひ一度視聴してみてください！